Giống như mọi phiên bản trước nó, Phiên bản Pokemon Crystal sẽ sớm có sẵn để mua trên Nintendo 3DS eShop.
Nintendo thông báo rằng Phiên bản pha lê sẽ đến 3DS vào ngày 26 tháng 1 năm 2017 và có giá 9,99 đô la. Các tính năng bổ sung cũng sẽ được thêm vào trò chơi.
Đặc biệt, Pha lê sẽ tương thích với Pokemon Bank, cho phép người chơi mang theo bất cứ thứ gì họ bắt được vào các tựa game mới hơn như Siêu mặt trời và siêu mặt trăng. Nó cũng sẽ cho phép chiến đấu chéo và giao dịch với các phiên bản cũ hơn, như Màu đỏ, Màu xanh da trờivà Màu vàng, thông qua một tính năng gọi là Time Capsule.
Sau khi hoàn thành trò chơi, người chơi sẽ có cơ hội bắt Celebi thông qua một sự kiện trong trò chơi. Điều này trái ngược với bản gốc Pha lê Pokemon, yêu cầu một phụ kiện đặc biệt có tên là Game Shark để gian lận để có được Pokemon hiếm này.
Nintendo cũng tuyên bố rằng với việc phát hành Pha lê Pokemon, giờ đây có thể mang Pokemon từ tất cả 29 trò chơi cốt lõi trong sê-ri tới Siêu mặt trời và siêu mặt trăng.